Forschung


DNA-Erkennung in der großen Furche

Obwohl praktisch alle Regulatorproteine zur Erkennung der Basensequenz in der großen Furche der DNA binden, gibt es dazu kaum ein künstliches Pendant. Verknüpft man zwei Calixarene mit Aminogruppen am oberen Rand über einen flexiblen Alkyl-Spacer, so entsteht ein Dimer, welches hochselektiv an DNA (und RNA) bindet.[1] Dabei treten drastische Änderungen im UV-Spektrum auf, ohne daß gleichzeitig die B-Konformation der DNA verzerrt wird.

 

 


Abb. 1. Calixaren-Dimer mit starrem Arenspacer. Die nach unten weisenden Ammoniumgruppen binden an die Nucleinbasen der großen Furche, die nach oben weisenden Alkylreste sorgen wahrscheinlich für eine Anlagerung weiterer Dimere, die die große Furche optimal ausfüllen.

 

 

 

 

Abb. 2. DNA-Schmelzkurven: Die blaue „normale“ Kurve wird nach Einlagerung des Calixaren-Dimers 1a invertiert und in ihrem Absorptionsverhalten drastisch verstärkt (rot); der Endpunkt ist Einzelstrang-DNA (pink). Das Calixaren ändert seine UV-Absorption bei Erwärme nicht (schwarz).

 

 

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